Em 16 de março de 1990, iniciou-se o movimento emancipacionista de Capitão, tendo sido eleita uma Comissão de Emancipação, formada por mais de 60 pessoas, líderes de todas as comunidades pertencentes ao Distrito.
No dia 20 de março de 1992, através da lei Estadual de nº 9.561/92, foi criado o município de Capitão, durante o governo de Alceu Collares.
No dia 3 de outubro do mesmo ano de 1992 foi realizada a primeira eleição Municipal, para eleger o primeiro Prefeito Municipal de Capitão e a primeira Câmara Municipal de Vereadores de Capitão.